管理職の育児休業明け後の給与

勤務時間短縮措置が適用されている従業員の給与をどのように決めるのかは、基本的には会社の裁量の範囲内だと思います。ただし、これが、育児・介護休業法に関連する措置の場合には、従業員に不利にならないような内容であることには気をつけなければならないと思いますが。
個人的には、勤務時間が短縮されたとしても、勤務時間が短くなるだけでその役職者としての責任が軽減されないような場合には、役職手当を減らすのことがよいのかどうか、疑問を感じます。ＯＫＮさんの会社で、役職手当をどのような意味合いで出しているのかによって、変わってくるように思います。

なお、一般的にどのような事例が多いのかといった公的な統計資料などはみたことがありませんが、育児休業関連のシンポジウムなどで紹介されている事例でよくみるのは、たとえば、通常８時間勤務の完全月給制の従業員が６時間勤務に短縮される場合、基本給は６／８（７５％）にするが諸手当はそのまま、というような仕組みかと思います。
私の会社の就業規則でも、基本給を勤務時間の短縮割合で減らす（当社は通常７時間勤務で、これを６時間に減らす場合には基本給は６／７とする）となっています。ただ、当社の場合には基本給が職務等級や役職を考慮して決められるため、役職手当はありません。諸手当はそのまま支給されます。

ご参考になれば幸いです。