時間給の算定基礎について

既に質問にあるような給与体系で運用されているのですね。

社員から未払い賃金請求が起これば、ほぼ確実に相当額の支払いが必要となりそうなケースです。経営者またはその近くの立場にある役職であれば、すぐに対策を構ずべきと考えます。

ご質問の①～③に対する回答は、失礼ながらこの質問のレベルから推測すると、ほぼ労基法のあらゆる部分の一からの説明を要するように感じます。ということは最低でも口頭で数時間の説明を要するということです。

残念ながらこの場で説明することは非常に困難だと思いますので、無料を希望なら労基署、有料でもと言うなら社労士さんに問うことをお勧めします。

ことこまかに御社の特殊事情を書かれてありながら、いまひとつ何を正したいのかわかりません。ここはダミー・デフォルメでもいいので、わかりやすい数字をあげた方が、共通の理解が進むと思うのですが、

基本給は、最低賃金を割り込まないレベルの賃金を月一定額支給。
業務手当という名の固定残業代として月１２万円支給。

これが何時間分の時間外労働にあたる、かつ、超過したら別途支払う、という明記がなければ、基本給と１２万合わせて、割増賃金の時給単価をもとめる計算に組み込まれます。

仮にこの件はクリアされているものとして、最低賃金ベースだということですので、都道府県最高の東京都の数値で割っても、時間外１００時間超にあたります。裁判になれば、強制して残業させる趣旨だとして公序良俗に反して無効との判決で否定されてしまいます。引き直して未払い残業代の支払いを命じられて、立ち行かないでしょう。

質問者さんにおかれては各所の記事を読まれて研究されておいでのようですが、その判決を回避されたいとのでしたら、早々に是正に手をつけられることでしょう。困難にめげずに、行き違いの責めは質問者さんに負っていただくとして、ご質問

１）「これが…」の段落のとおり
２）１）をみたしているのでしたら、不要です。
３）前半はわかるのですが、後半のいい手とは、何を問いたいのでしょう？

今まで基本給１５万、業務手当１２万（固定残業１００時間との各種要素の明記あり）計２７万円で支給していたところ、

これからは４５時間相当とするので、基本給１５万円かわらず、業務手当は５万１千円にきりさげ、20万１千円で支給したい。ということでしょうか？　差額６万９千円を割増賃金支払いの基礎に含めずに補償する手は？ということでしょうか？　労務の対価である以上、差額も割増賃金の計算に組み込みます。

家族手当、住宅手当といった組み込み不要であっても、もらえないはずの人にも支給している実態から判断しますので第２基本給として、計算の基礎に組み込まれ、未払い賃金支払訴訟になるでしょう。

ご丁寧にありがとうございました。
私は、中途で入社して、間もないのですが、現在の給与体系ではまずいと思ったので、投稿しました。
今後、個々の給与を一定額について補償するためには基本給を上げ、固定残業手当を45時間以内で明確に設定し、超過分について別途支払う旨の改善を軸に取り組みます。

ご丁寧にありがとうございました。