基準内賃金の欠勤控除精算(徴収)について

御社の給与がどのように支給されているのか、によります。
それがわからないとはっきりとしたお返事はできないですが、推測するに以下の状況かなと思います（なので私見です）。

御社の「傷病欠勤(補償なし)」というのが、病欠においては無給であるが休む、ということであれば、出勤していない月については、給与がないけれども、社会保険料などの負担がなくなるわけではないので、差額を入金してください、ということであるかと思います。
産前産後休業期間（産前42日）においては社会保険料は徴収されませんが、それより前であれば、社会保険料の負担は必要になります。
また、個人住民税はどのようになっていますか。
これらが、毎月の賃金から控除されているのであれば、支払う必要があります（いつもは毎月支給されている給与から支払っている）。

御社が基本給を先に支給の上、残業代や欠勤早退遅刻控除を翌月の給与で調整しているのでしょうか。
そうであれば、４時間不就労時間分、については、基本給以外を翌月処理している会社であれば、欠勤早退遅刻控除で控除すべき賃金がないので、差額を返金してください、ということかなと思いますが、御社の給与・支給方法によります。

上記に該当するのであれば、社会保険料等については賃金から控除できない状況なので遅滞なく支払わなければならない、になります。また、欠勤早退遅刻控除分については、会社が過払いしている状況であるので、返金しなければならない、になります。



> 現在妊娠9ヶ月目になる正社員です。
> 妊娠後期に入り腰痛がひどく悪阻もあった為、
> 早めの産休に入れるか総務に相談したところ、
> 産婦人科で母体健康管理指導事項連絡カードを書いてもらえば
> 早めの産休取得対応可能と言われました。
>
> その後、産婦人科医師に母性健康管理指導事項連絡カードを書いてもらえないか交渉したところ、身体の数値的な異常は特になく書いてもらうことはできませんでした。
>
> 再び総務に相談したら、「何かしらの診断書を提出すれば、傷病欠勤(補償なし)として対応できる｣と言われた為、メンタルクリニックの診断書を提出し、そのまま2ヶ月早めの産休に入りました。
>
> すると、以下の書類が今月届きました。
>
>
> ■９月分基準内賃金の欠勤控除精算（徴収）について
>
> 標記につきまして、9月4日以降の出勤日全日が「傷病欠勤(補償なし)」につき
> 本来であれば翌月の10月分給与より「欠勤控除」の上、精算となりますが、10月分給与につきましては10月25日以降の産前休暇分の日割基準内賃金のため、９月分控除金額の方が高い為、控除さることができませんでしたので、以下の通り精算致します。
> ご理解の上、欠勤控除額につきましてお振込いただけますようよろしくお願い致します。
>
> ※内約→９月（20日分）控除額、４時間不就労時間分の返金
>
>
> 返金額もかなり大きいですし、
> 診断書を提出した際、何の説明もありませんでした。
>
> ちなみに先月と今月の給与は支給されていません。(各手当金の数万以外)
> 体調が優れず、早産になってからでは遅いので給与補償がなくても仕方ないと思い、診断書まで提出したのに支給されてもいない給与から更に返金だなんて納得いきません。
>
> この欠勤控除精算は必ず払わないといけないものなのでしょうか？
> もし払わないといけないとしたら
> 事前に説明を受けていません。それはどうなのでしょうか？
>
>
> 回答のほどよろしくお願い致します。

①　各種の問題を交えて質問されていますので、関係がありそうな課題毎に分けて考察します。

②　産前産後休業中の社会保険料については、年金機構がＷｅｂで次の通り説明しています。
　「産前産後休業保険料免除制度
　更新日：2015年10月27日
　（1）産前産後休業期間（産前42日（多胎妊娠の場合は98日）、産後56日のうち、妊娠または出産を理由として労務に従事しなかった期間）について、健康保険・厚生年金保険の保険料は、事業主の申出により、被保険者分及び事業主分とも徴収しません。
　被保険者から産前産後休業取得の申出があった場合、事業主が「産前産後休業取得者申出書」を日本年金機構へ提出します。
　（2）この申出は、産前産後休業をしている間に行わなければなりません。
　（3）産前産後休業期間中における給与が、有給・無給であるかは問いません。
　（4）保険料の徴収が免除される期間は、産前産後休業開始月から終了予定日の翌日の月の前月（産前産後休業終了日が月の末日の場合は産前産後休業終了月）までです。免除期間中も被保険者資格に変更はなく、将来、年金額を計算する際は、保険料を納めた期間として扱われます。」

③　以上の説明に拠れば、労基法の産前産後休業であっても、所定の手続を取らなければ、社会保険料は免除されません。
　また、労基法の産前産後休業でない期間中に、腰痛や悪阻のため休業した場合は社会保険料は免除されないのです。

④　社会保険料を免除されなければ、賃金はゼロであっても、本人・会社とも、保険料納付義務があります。
　それゆえ、その期間中の賃金計算において、支給総額よりも控除すべき額が多くなる（マイナスになる）ことはあります。
　これは、制度上致し方ありません。

⑤　事前に説明が無かったことは不親切と言えるでしょうが、そのことをもって、事の是非を結論づけることはできません。

⑥　腰痛や悪阻により労務不能であったと医師が証明してくれたら、傷病手当金受給の可能性があるかも知れません。
　これの詳細は省略します。

⑦　賃金がゼロであっても、市民税の納付義務はあります。

⑧　質問外ですが、雇用保険料は賃金計算書の支給項目に記載された支給額に正比例して負担義務があります。
　従って、社会保険料・市民税に雇用保険も含めてマイナスになり得ます。

⑨　以上の各項に基づき、冷静な判断のもと検証して下さい。

⑩　私見ですが、結論的には、冷たいようですが、会社の処理には誤りは無いと推察します。