倒産の流れを教えてください。

> もし会社が倒産した場合、雇用保険や社会保険料の喪失はどうなりますか？

離職票を発行してもらうには、退職日以前6か月間の賃金台帳か給料明細が必要です。
事業主の印鑑も必要です。
事業主が行方不明でこの両方がない、というような場合、
従業員本人が給料明細を保存していれば、それで確認してもらえます。給料が振り込まれた銀行の通帳でも確認してくれるケースがあるようです。
印鑑のほうは、ハローワークで従業員を呼んで話を聞き、事業所が倒産したこと、事業主との連絡がどうしても取れないこと等事実関係を確認した上で、職権で離職票を作ってくれます。資料がそろわないと結局作ってもらえないこともあります。
破産管財人がいれば、管財人の印鑑で離職票を作ることができますが、さらに時間がかかります。

健康保険・厚生年金保険の手続も原則として事業主の印鑑がないとできません。
健康保険から国民健康保険への切り替え、厚生年金保険から国民年金保険への切り替えにも事業主の証明または資格喪失届の控えが必要です。
社会保険事務所では、どうしようもない場合に限って、事実関係を確認し、職権で資格喪失をしてくれるようですが、やはり時間も手間もかかると思います。

補足ですが、労働者各人の未払賃金や退職金などの労働債権については、
コラム『会社の破産と労働者の対策』
http://www.soumunomori.com/column/article/atc-49173　
で触れていますので、ご参考に。