会社の業務形態について

はでぶっち様は就業時の契約書等で、どのような労働形態で契約されたのでしょうか。
また、就業規則、協定書等は確認されましたでしょうか。
会社側は、上記事項に関して明示・周知させる義務があります。

みなし残業ということは、
裁量労働制のようですが、裁量労働制を導入するには、適用される労働範囲が労働基準法により定められており、基本的には自分でスケジューリングできるような裁量権のある職種（いわゆるホワイトカラーの管理職や、専門職）に限られています。

また、使用者が時間外の作業を労働者に行わせる場合は36協定、
裁量労働制で働かせる場合は、裁量労働制の労使協定を労働基準監督署に提出しないといけません。

上記の書類は、労働者が投票等によって決めた代表者が交渉・サインすることになっています。
ちなみに、就業規則等で定められている事項に関しても、労働基準法に違反している場合は無効です。

一度、会社に上記書類を提示してもらい、不備がある場合は、
会社の労働組合又は、労働者代表の方、どちらも会社に存在しない場合は、労働省や労働基準監督署の相談窓口に相談してみてください。
悪質だと判断されれば、労働基準監督署が指導・監査等を会社に行ってくれます。
（匿名での依頼可能）

また、残業代は過去二年に遡って請求することが可能ですので、残業した時間・内容等の証拠となるものが入手可能であれば、（メモ・PCのログ・メール等）請求されることをお勧めします。
こちらは基本的に自分で会社に働きかけることになりますが、トラブルになった場合は労働基準監督署に相談し、動いてもらうこともできます。（この場合は実名での依頼になります）