変形時間労働制の途中退社の休日について

１年単位の変形労働時間制は労働基準法32条の4に定められており、その次条32条の4の2に今回のケース（期中に出入りする労働者）にあたる場合の取り扱いが定められています。

特段休日数を調整することなく、変形労働制を適用した日数をベースに週４０時間に置き換えた時間数（暦日数×４０÷７）をこえた時間数に対し時間外労働とし割増手当を支給することとなっています。ただし週１日の法定休日にはたらかせた時間数はカウントすることなく、別途135％の賃金が必要です。

しかしおたずねのケースですと、おそらく変形期間が4月始まりが原因で、年度後半（冬期）の繁忙期を前に閑期中退職をおたずねなさってのこと察します。途中の出入りするケースにつき労使協定はどのようにさだめてあるのでしょうか。

なければ、
１）もうすでにたてた年間スケジュールで動いているか、
２）４月５月のスケは確定で、６月スケをこれから

のどちらかと思われます。１）年間スケで動いているなら、協定の休日数を増減することはできません。２）６月スケをこれからくめるとしても、協定内でしかできません。

月給制であれば少ない時数であっても、月ぎめですからその額で払うしかありません。

であれば、その人を６月から、変形労働時間制の対象外として通常の待遇（労働時間・休日・賃金）にする（ただし変形労働時間制が前提の体系でしかないのでしたらそれにしばられます）。