不払い残業を指摘されました。さてどうすれば・・・

残業代の遡及支払いに関してですが、私も過去の会社ごとで遡及支払いをした経験があり、考えれば考えるほど、どこまで影響するのかと思います。
原則論で言えば、
所得税については「本来収入すべき時」の所得となるために、過去の所得として遡って修正する必要があり、いわゆる年末調整のやり直しが必要になります。
住民税についても、源泉徴収票と複写式になっている給与支払報告書を、各自治体に再度提出する必要があり、過不足となっていた住民税については、新たに提出した給与支払報告書をもとに各市町村で賦課決定が行われ、各個人に納税通知書が送付され各々が納める（普通徴収）ことになります。
社会保険については、社会保険庁では給与扱いとして、そのときの算定で支払うように指導されました。
社会保険と税金は行政の縦割りの関係か根拠が同一ではないようです。

と、ここまでは原則論ではありますが、原則は原則として理解した上で、自社における対応を考えていけばよいと思います。
過去の一例ですが、過去2年間の遡及分を賞与の特別加算として支払い、過去の税金対応・社会保険対応をしなかったこともあります。
但し、従業員に対しては「過去の会社への貢献に報いるために、未払い残業代を基準に特別加算賞与額を決定した」と説明し、実質的には遡及支払いを行いました。
労使の納得感があれば、余分な税金や社会保険料（いづれは自分にもどるのでしょうが）を払わない施策もひとつだと思います。
但し、上記の例のときには特別損失として計上していたので、監査法人からの質問がありましたが、支給基準は過去の残業代であるが、支給主旨は特別賞与であると説得しました。
御社にとって良い方法が他にもあると思いますが、原則論は理解しながらも、グレーゾーンに着地させるのも仕事（白黒つけるのは単なる作業）と思いますので知恵を絞ってみてください。

ありがとうございます。

大変参考になりました。

原則を通すのは正しいけれども、余計な事務処理がない方がいいのは
社保事務所や税務署にとっても同じ、と考えればいいのかなとも思いました。

この件の目的は、労働者の権利保全であるので
「労使の納得」というところでがんばってみようと思います。