労働計画表以上に出勤した場合　どうなるの？

１ヶ月単位の変形労働時間制が適切に運用されているとの前提で回答します。

まず休日を考察します。最低週１日休日が必要です。その例外として４週の起算日を特定しておくことで、最低４週４日の休日があれば可です。
特に交代勤務者がいる場合は、暦日の０時から始まる継続２４時間の休みが確保される必要があります。ただその例外として、どうしてもとれない番方の変更時に、終業から始業まで継続２４時間あれば可としています。

土日がつぶれたと言うことですが、就業規則では、週の起算日を特定していますでしょうか。なければ日曜起算となり、休日を見る上では、土日は別の週の勤務ということになりそれぞれの週に休みが１日以上あれば問題ありません。いや例外の４週４日であれば、起算日から４週ごとに区切り、４日以上休日があれば問題ありません。

以上が休日についての考察です。法定休日労働と認められる場合は、その日の労働は１３５％の賃金支払を要する反面、次の労働時間に加算しません。

次に労働時間についてです。先の法定休日労働をはぶいた時間が対象です。

１ヶ月単位の変形労働時間制ですので、土日の出勤を含む勤務予定表が月の初日前に対象労働者全員に提示されていれば、全く問題ありません。ただし、１６４時間ということですが、２月（閏年は別）だけは、月間１６０時間が月の上限ですので、スケジュール通り働いても、１６０時間を超過した部分は、時間外労働となります。

あとは、就業規則に
・１ヶ月単位の変形労働時間制によること
・休日は勤務予定表に明示すること
を明記してあるかどうかです。休日土日の表記のままでしたら問題でしょう。

追加です。

その土日勤務が月初前に提示された予定表に組み込まれておらず、月の途中に命じられた場合は、先に述べた休日労働でないか、でなければ時間外労働でないかの判別となります。

時間外労働とは、
・当初その週予定された時間数
・４０時間

のいずれか長い方を越えて働いた部分となります。すでに日において時間外労働とした時間は省きます。

古い投稿なのにもかかわらず
丁寧にご回答いただき　ありがとうございます。

2年前に部署移動となり、
現在はこの問題に関わることが出来なくなってしまいましたので
御礼だけ述べさせていただきます。