日勤者と交代勤務者で　年間休日数が違う。

これだけの資料では判断しかねます。まず、賃金面との関連が当然発生しているはずと考えます。
例えば
①日勤者は週４０時間労働、交替勤務者（８直８日勤）は週４０．５時間になります。当然年間労働時間に相違が出てきます。
それに対して、残業扱いを考慮した交替手当などが賃金として支給がされていないのか。
②また、交代勤務者の年間休日が１００日として、単純計算でいっても年間労働時間が６１時間強、週４０時間制をオーバーしていますが（土曜日の代休を入れてない場合）、月６～７日の休みより多い月があるということを考えると週１回の休日は与えられています。
③日勤者と交代者とは作業内容が違いますから、労働時間や休日数が当然違ってきます。それを是正するために賃金面の取り扱いが異なっているはずです。
その辺りまでの詳細な資料がないと検討が難しいと思います。

訂正がありました。　申し訳ありません。

①　についてなのですが　配布された告知には、
　３１日以上の月→８直８日勤（１６４時間）
　３０日以下の月→８直７日勤（１５６時間）
となっていましたので　すべての月を平均すれば
週４０時間以下で収まると思います。

②　上記の①通りに仕事をするとなると
　たしかに４週４日の法定休日はクリアしているのですが
　毎月の休みが７日になるということになるので
　７×１２＝８４日　で　正月休みを入れても１００日を切ってしまうと思うのですが･･･

就業規則に書いてあることが　別の命令によって
守られなくなってしまうことに関しては問題ないのでしょうか？

③　交代勤務者の賃金面に関しては
　１．深夜割増がついていること
　しか知らされておりません。
　調整手当というものもありますが
　交代勤務・日勤　双方を経験したかぎりに於いて
　同一の金額のままでしたので　取り扱いが異なっているのかどうかはわかりません。
　また　この労働時間の取り扱いの変更時、本部に調整手当の中身（手当計算の根拠となる項目）を質問したところ
『各人によって内容が異なるため　答えられない』との返答でした。


変形労働時間制（1月）での代休発生の仕組みがいまいち理解できないのですが
のローテーション作成時に
　①月１６４時間（ないし１５６時間）以内
　②ひと月の中で４日以上の休日が確保
この２項目の条件の中であれば
　【月１回の土日を出勤日として、１２日間連続で出勤】
という状況下に於いては代休を取得させる必要が生じるのでしょうか？

　
　

　

給与関係がわからないことですから、単に年間労働日数でどうなるかを検討しました。
交代勤務者の年間労働時間は、164H×7ｹ月＋156H×5ｹ月＝1928H　で　これを日数に換算すると、
1928H÷8H＝241日　となります。ですから、年間休日は、365日－241日＝124日　です。
しかし、この年間休日（124日）の中に仮眠時間が含まれていますので、その分を年間休日から控除すると実質の年間休日は次の通りです。
（8直×7ｹ月＋7直×5ｹ月）×2H＝182H　これを日数に換算すると、
182H÷8H=22.75≒23日　実質年間休日は124日－23日＝101日
ということで、交代勤務者の年間休日は101日となり、就業規則の100日とほぼ同じような結果になりましたが、どうでしょうか。

労働時間のみで計算を行うと　
労働時間外の時間は、およそ１００日分となるということなのですね。

ですが、時間のみで計算しているわけで、
通勤時間などは考慮に入っていないわけですから
この場合に於いて　休日が１００日発生していると解釈するのは
労働側としては　ちょっと受け取りがたいです。

『年間を通じて　８００時間以上は労働から解放されているから
　休日は１００日以上与えていることになる。』
というのは休日の定義として問題あるのではないでしょうか？


所定労働時間として、
１日目　１７：００～２４：００
２日目　００：００～０８：３０
３日目　０８：３０～１７：３０
４日目　１７：００～２４：００

という　時間に於いて
完全交代制でかつ勤務割当表がきっちり定まっていますので
【継続した２４時間の休み】が休日となると解釈しています。

所定時間上は２日目～３日目にかけて　２４時間開いていますが、
実際には　出退勤のタイムカードや作業服に着替える為に
　２日目　～８：３１
　３日目　８：２５～
という感じになり、
継続２４時間をもった【休日】という扱いにはならないと思っています。

ちょっと信じがたいのですが、
『分割した労働時間外時間を合計して休日と同じ扱いとする』ことが
できてしまうものなのでしょうか？

出来てしまえるのであれば　労働側としてはかなりコワイです･･･