就業規則　給与規定について

>アドバイス有難うございます。そうなんです考え方を変えないといけないんです。なんせ大した規模の会社では、無いのでそこまで考えてなかったのです。･･･
採用する時に総額○○万円残業代+すべて（ほとんど無いのですが）も込みでと言う形で採用していたので・・
家族手当ては、
ある人とない人がいます。又通勤距離に関係なく一律通勤手当を支給しているのでここで言う割増単価の基準から除外されないと言うんです。基準が無い場合は、割増賃金の基準に入れるらしいんですよ
家族・通勤手当と呼名で支給してもダメらしいのです。
何とか不公平感が無いように考え検討します。

一つ気になったのですが・・・。
たとえ各手当に明確な基準を設けても（基本給という言葉ではなくても）、家族手当・通勤手当を除く各々の固定手当は割増単価の基準に入りますよ。だから内訳を変更しても解決にはなりません。
もともと、割増を見据えて基本給他の手当を設定するべきなのです。それをまず社長さんにわかってもらわなくてはなりません。
あとは、社員の皆さんに事情を説明した上で、残業割増単価を是正すると同時に手当等の額を若干減額するとか、あるいは４月に昇給があるならそれを今回なしにして、残業単価up分を昇給に代えるという形で了承してもらうとかしたらどうでしょう？
実質の総支給が減らないよう、また不公平感がないよう、慎重に行う必要があるとは思いますが、早く原則的な給与体系に軌道修正したほうがいいと思います。

若干修正です。
上記に家族手当・通勤手当を除く、と書きましたが、労働基準法には｢家族手当、通勤手当その他厚生労働省令で定める賃金｣とあり、そのほかにも算入しないものがあります。（うちの会社は住宅手当を支給していないのでうっかりしていましたが、住宅手当も入るかな？）
気になったので修正しました。