1年間の変形労働時間制について

①　１年間の変形労働時間制の知識を中途半端に解釈しておられるようです。
　初心に返って、制度の解説 （厚労省のＨＰ） を熟読し、貴社の思惑と合致するか否かを、一つ一つ確認して下さい。

②　質問の１と２については、手続き上の問題に過ぎないので、労基署に問い合わせて下さい。

③　変形労働時間制といえども、その制度で決めた各日の変形後の所定労働時間を超えたら、残業代は必要です。
　質問文の最後のあたり 「２月の休みの労働時間を1月の残業時間に当てることができるので、払わなくて良い残業代を払ったことになりますよね？」 は制度の理解が不足としか言えません。

④　国土交通省は形式上は厚労省のものとは別物としていわゆる「改善通達」を発出しています。しかし、その内容は全部同文です。
　事ほどさように、国土と厚労省は提携して労働時間管理に目を光らせています。現実に、労基署が労働時間違反を発見したら、それを国土出先機関に通報し、国土はそれを基として青ナンバーを外し、運送営業所を封印・営業停止などしています。労基署の類いではありません。企業の存立を危うくします。

こんにちは。
まず、１年単位の変形労働時間制の基本的なルールをご存じない状態でご質問されているようにお見受けしました。
１年単位の変形労働時間制を適用しようとする場合、様々な制約が設けられています。
社労士さんがわかりやすく解説して下さっていますので、
http://www.kushida-office.com/category/1592922.html
をお読みになってください。
上記ルールを踏まえた上でお答えします。（上記ＵＲＬ内の解説と重複する回答もあります。）

１について
⇒あくまでも、所定労働時数を書く欄となります。

２について
⇒１年単位の変形労働時間制を導入する場合、１日の所定労働時数は１０時間が上限のため、１６時間の設定はできません。
また、１週の所定労働時数は最大５２時間までですが、４８時間を超える週を連続で設定する場合は３週までと定められています。
更に、対象期間を３箇月ごとに区分した各期間において、労働時間が４８時間を超える週は、週の初日で数えて３回以下にしなければいけません。

３について
⇒１年単位の変形労働時間制において、時間外労働となる時間は、次のア～ウのいずれかの基準に該当する時間です。
ア）１日について
労使協定により８時間を超える時間を定めた日はその時間、それ以外の日は８時間を超えて労働した時間。
イ）１週間について
労使協定により４０時間を超える時間を定めた週はその時間、それ以外の週は４０時間を超えて労働した時間。
ウ）対象期間について
対象期間における総労働時間（対象期間が1年間の場合は、２０８５時間（閏年は、２０９１時間））を超えて労働した時間（ただし、上記アまたはイで時間外労働として処理済みの部分は除く。）
よって、年間総労働時数の範囲内で調整する（ある月に設定された時間を超過した分を別な月に廻す）ということはできません。

４について
⇒「カレンダーなどによる何月が何時間といったもの」は、必ず届け出る必要があります。
１年分の見通しが不明と言うことならば「区分期間」を設けて、何回かに分けて届け出ることは可能ですが、総枠だけ決めてカレンダーは届け出ない、ということはできませんので、「結果としてオーバーしないようにする」ということはできません。
特定された労働日及び労働日ごとの労働時間を変更することはできません。

５について
⇒想定されている計算方法は誤りです。
３．の回答で述べた通り、事前に定めた日毎又は週毎の所定労働時数を超えた部分全て、所定外割増賃金の対象になります。

ご参考になれば。

こちらの質問に、質問者さんの応答がないので、補足程度に。

１年単位の変形労働時間制は、種々の制約がありますが、１勤務１０時間が上限のところ、例外的にタクシードライバー１６時間隔日勤務を認めています。トラックでそれをするなら、１カ月単位の変形労働時間制を検討されることです。