代休について

代休申請をし、承認されたため、代休を休んだら、後日その日は有給扱いにするという通達が来たということでよろしいですか？

まず、従業員の権利である有給休暇を会社の鶴の一声で使用することは出来ません。代休（有給）を使わなければ日当が出た訳ですからね。

また、日当が一律５千円というのも恐らくは労働法違反に該当すると思われます。
休日出勤手当は基本日給（基本給から計算した日当若しくは自給）の１．３５倍の賃金の支給が義務付けられています。

しかし、現状が横行している会社では、上記のことを説明してもなかなか採用されず、「いやなら辞めろ」と言われるのが落ちですよね…

方法論としては
①　今は我慢し、貴方に発言力等の実権が備わった際、是正をしていく。

②　労働基準監督署に相談する。→相談するだけで恐らく会社に監査入ります。

がんばって下さい。

ドロップキックさん＞

早速の回答ありがとうございます。

休日の日当ですが、月給制の人は一応時給で出ているようです。
年俸制となっている場合に、一律5千円となるのですが、
これも労働法違反に該当しますか？

今後の対策としては、「② 労働基準監督署に相談する。」を
選択したと思います。

イルーシブさんの年俸には「時間外労働手当」が含まれており、尚且つ金額が「年俸」部分と「時間外労働手当」で明確に金額が分かれているようでしたら違法とはなりません。

なっていないようでしたら従来通り年俸から換算する日給or時給の1.35倍の賃金を支払わなければならないため、違法となります。

また、最近多いようですが、年俸制であっても残業代は出ますので、もし出ていないようでしたら（基本給の1.25倍）、その辺もチェックしたほうがいいかもしれませんね。

監督署に相談するは確かにいい方法かと思います。
会社自身は辛くなるでしょうがまぁ、自業自得ですから。

しかし、それをすることによってイルーシブさんも会社に居づらくなるのも現実問題避けられないと思います。
そこまでの労働者保護はまだ確立されていないのが現状ですので、がんばってみて下さい。