交通費取得し別な手段での通勤

会社での考え方次第だと思いますし、どういったかたちで抑止していくかも会社の方針によるでしょう。

弊社では、
①公共機関での通勤ルートが妥当かをチェックしている。乗り放題の定期券の利用が検討できないかなど。
②車での通勤者には自動車保険の写しとともにマイカー通勤申請許可を得ることになっている。守らない場合のペナルティについても明記し、周知している。
③内部通報などがあった場合には、速やかに調査して是正させている。内容によっては懲戒規定を適用する。

基本的に、この点にどれだけ費用をかけても利益は何も生まないことなので、いかに費用をかけずに抑制するかを会社として考えることだと思います。取締りを厳しくしても、モチベーションやコミュニケーションに影響を与えるだけで、会社は得はしません。

横領の問題もあるかも知れませんが、それ以上に会社にとってリスクがあるのは、通勤時に従業員が交通事故を起こした場合などの雇用主の管理責任の問題があります。

車通勤者が守るべき規定を作り、会社としてはこの規定で管理していると言う姿勢を作ることが大切かと思います。
（もし万が一従業員が通勤途中に酒気帯び運転で人身事故でもおこしたら会社への責任がおよび可能性があります）
従って、車での通勤については管理をきちんとやる必要があると思います。

また、公共交通機関利用の場合、確かに金額的に大きくなる可能性がありますので、管理をきちんとやりたいのであれば駅で領収書をもらってくるようにさせる。あるいは、定期券のコピーを提出させる。あるいは、定期券は会社で購入し本人に支給する。このような管理をするのもひとつかと思います。

会社が本来払わなくてもよい、実際とは違う通勤手当を払っているという事実は、通勤手当が実際にかかる費用を支給するものであるという原則からみても、「会社に経済的損害を与えてはならない」という労働契約上の信義則に違反します。
また、自転車通勤なのにあたかも電車などを利用しているように装えば、通勤経路の虚偽申告になります。

過払いとなった分の返還請求を会社がする場合は、民法上の不当利得返還請求権に基づいて行われることになります。したがって、労基法上では賃金の支払い請求権は２ 年（退職金５年）で消滅しますが、民法上の時効に従うこととなり、過去10 年以内の不正受給分までさかのぼって返還請求することができることになります。

会社の制裁規定によってその程度は異なるでしょうが、制裁の対象にはなり得ます。
懲戒処分として、賃金の減給処分をすることが考えられますし、降格、出勤停止などの処分をすることも考えられます。

私ならば車通勤に届け出替えをし、会社内に堂々と駐車します。（>…車、バイク通勤を申請してないため会社内には駐車できない。ということは会社内に駐車スペースがあるのですよね）
通勤費の差額は大きいかもしれませんが、そもそも不当利得であること、毎朝駐車する場所のことを思い煩ったりすること、など精神的負い目のほうが圧倒的です。

余談ですが、
通勤災害が起こった場合、労災法上の通勤は合理的な経路、方法であればよく、会社に届け出ていない方法であっても適用されます。
しかし、労災法で給付対象となる通勤とは「労働者が就業に関し住居と就業の場所との間を、合理的な経路及び方法により往復すること」と定めていますので、給付の対象が合理的経路の途上での事故などに限定されていると考えられることから、届出と違う経路での通勤が、合理的経路であるか否かで争いが起こる可能性もあります。

遅くなりました、皆さんありがとうございます、過去にも高額の通勤費電車、バス利用、実は５０CCで通勤とか、自転車通勤とか色々聴きますので、社内の駐車場は申請すれば無料です、無論未申告社は路上や外の月極駐車いくらでもない（実際には電車利用半年１２万が５０ｃｃなら２マンくらいですかね）年間20万やはり大きいと思います。規則では申請した通勤手段以外の方法を禁じています、（交通機関の事故、車の故障は除く）もちろん申請時、交通機関、車双方とも経路、簡単な地図の提出をします、かなりの人数が居るようなのでどうかなとお聞きしました。