有給休暇がまだない場合・・・

> 私の会社はこの夏に５日間を休みとし、土日合わせて９連休になります。夏休みとしての特別休暇は２日間で残り３日間は有給休暇として処理をするようです。ですが転職して日の浅い私は有給休暇がまだないので、会社に聞いてみると３日間は欠勤扱いとしてではなく、無給扱いになるだけとの回答でした。会社側から休めと言われてるのに、無給扱いとは、何か腑に落ちないのですが・・・このケースは問題ないのでしょうか？

ほかの方は年次有給休暇として処理するとのことですので、
残りの3日間は就業規則等によって定められた公休日ではないということですよね？
（公休日には年次有給休暇は当てられませんので）
そのような場合、仮に会社が年次有給休暇を使って休むように促したとしても、
それを受け入れるかどうかは本人の自由です。
年次有給休暇の時季指定権はあくまでも労働者本人にあり、
会社側には時季指定権はないからです。

ただし、労使協定により、年次有給休暇の計画的付与を行っている場合については、
例外的に、労使協定に基づき年次有給休暇を取得させることができます。
（逆を言えば、計画的付与でない限りは、
　会社側が強制的に年次有給休暇を取得させることはできません）
しかしながら、年次有給休暇の計画的付与を行うことが可能なのは、
年次有給休暇のうち5日超える部分に限るとされていますから、
デルタさんのように、まだ年次有給休暇が付与されていない方や、
比例付与のために年次有給休暇が5日以上ない方に対して、
計画的付与を行うことはできません。
もし、全社休業等の理由により、そういった方を使用者が強制的に休ませる場合は、
以下の通達にあるとおり、休業手当（平均賃金の6割以上）を支払うか、
特別に有給休暇を与える必要があります。

【参考】
昭和63年3月14日、基発150号
一斉付与の場合の年休のない者の取扱い
問　事業場全体の休業による一斉付与の場合、年次有給休暇の権利のない者を休業させれば、その者に、休業手当を支払わねば労基法第２６条違反となるか。
答　見解のとおり

早々とアドバイス頂きありがとうございました。
大変参考になりました。