連続勤務について

年間所定労働日数２８０日以内
日１０時間、週５２時間以内
連続勤務日数６日以内（協定で、特定期間をもうけて週１休日は可）

というのは、年間勤務予定表をたてるうえでの１年単位の変形労働時間制の制約であって、

その予定表を確定させたうえで、３６協定の時間外、休日労働枠内にて時間外労働、休日労働を命じ、その結果１３日連続勤務となろうと、いっさい問題はありません。もちろんその時間外、休日労働に対しては、割増賃金支払い義務が発生します。

なお、

> ・週休2日制とし、土日共法定休日

法定休日とは、週１休日を設けることを使用者に義務付けた休日のことをいうのであって、同一週内１休日をこえて与える休日を法定外休日と呼びます。

１年単位の変形労働時間制を導入している場合においての連続勤務日数の原則は６日間です。しかし、特に繁忙等の理由により特定期間を設けた場合は12日間が限度となります。今回の質問でわざわざ13日間連続の設定をされたのは、このことを試されたのではないでしょうか。
参考資料：http://tokyo-roudoukyoku.jsite.mhlw.go.jp/library/tokyo-roudoukyoku/roudou/jikan/pamphlet/change_year.pdf

いつかいりさん
早々の回答ありがとうございます。

ただ、法定外休日と法定休日についてですが、少々疑問が残ったままです。
就業規則の休日において
「週休日（法定休日）」と記述があり、全て法定休日として扱い割増35％としております。
つまり、法定外休日として扱ってません。
そして、36協定上の残業限度時間から外れることになっております。
これも、一切問題ないのでしょうか？

村の村長さん

回答ありがとうございます。

13日の設定は、まさにその通りです。

> つまり、法定外休日として扱ってません。
> そして、36協定上の残業限度時間から外れることになっております。
> これも、一切問題ないのでしょうか？


４週４日の変形週休制をとってないものとします。そもそも１年単位は、取りようがいのです。原則週休制をさらに制約（最長６連続勤務）、特例として週休制（週１休日）。

くりかえしますが、これは勤務予定表上の制約です。その上で、３６協定の枠内で、休日勤務を命じることは可能です。

御社の規定は、いずれの休日労働も３５％増し賃金を支払う、というところまではなんら問題はないです。問題は、法定休日は週１休日を限度としており、他方は法定外休日、時間外労働として累算せねばなりません。とくに月間６０時間５０％増し賃金逃れや、３６協定の時間外取り決め、たとえば日を超え３カ月以内の期間や年枠の過小累算することで、逸脱してる疑いがあります。

またどちらを法定休日として扱うか規定がないに等しく、この場合は、通達で同一週最後の休日をもって法定休日としてあつかい、労基署は取り締まることになります。