有給は休日ですか？

質問者さん事前に　> 申請しました。

対して上司　> 休日出勤していなければ有給休暇が適用された

とのたまわったのは、休日労働し休暇した事後のことでしょうか？

変更を含め労働契約をあらかじめかわしているのですから、労働者有利に処理するのは別としても、あとだしで休暇も含めなかったことにできません。働いた分（休日労働。また働いたのと同等に扱われる年次有給休暇を含む）の給与支払い義務が使用者にあります。

もし時系列にそって前後関係に入れ違いがあるなら、補足ください。

2日の休日出勤を、7日のお休みは有給休暇申請が通らず振替処理されていました。上司からは一か月後に事後報告をされました。法定休日が土日夏季休暇を含め１５日あるからそれが満たされていない分は、休日に出勤があった分は振替、休日出勤がなかったら有給休暇が使えるとの説明でした」納得はいかなかったのですが、知識がなかったので「それで決まっているなら仕方ないですね」と返答しました。しかし、規約には法定休日を満たすことなどは載っていなかったので根拠はなんだろうと思い相談させていただきました。

補足いただいていますが、時系列に前後関係がてんで伝わってきません。

いついつ　だれが　だれに　何をした

文例）
8/1　8/15の休日出勤を上司に申請
8/3　8/18の勤務日の年次有休暇を上司に申請
8/15　休日出勤する（８時間勤務）
8/18　年休として休む
9/2　上司が…


この文章群の羅列です。

時系列にしてみました。

7/7　8/2の休日出勤を上司に申請
7/14　8/7の勤務日の年次有休暇を上司に申請
8/2　休日出勤する（８時間勤務）
8/7　年休として休む
10/8　上司から、
　　　　・8月は土・日曜日と夏季休暇を合わせて15日の法定休日があった。
　　　　　しかし、8/2(日)に出勤している為、14日となり法定休日を満たしていない。
　　　　　法定休日を満たしていない人については休日出勤をしている場合は振替えてもらう。
　　　　　そのため、8/7(金)は年次有給休暇はつかえないので、8/2(日)として振替えた。
　　　
　　こちらから上司へ
　　　　・この法定休日は15日満たさなければいけないのですか？

　　上司より
　　　・はい、そうです。

　　こちらから上司へ
　　　・決まりなら仕方ありません。
　　　
　　　以上、です。

　　　これで、大丈夫でしょうか？　

前後関係は、よくわかりました。拙者の回答と齟齬はありません。上司の後出しじゃんけんにどう対応されるかです。

> 「8月の休日１５日を満たしていない。…

休日とは、使用者があらかじめ設定することです。あとからつじつまあわせるものではありません。あらかじめ設定した休日に、労働日と休日をあらかじめ日を指定して入れ替える振替休日がありますが、これもあらかじめしてなければなりません。これもなされていないわけでしょうから、

こういった操作がなく、労働者があらかじめ決められた休日に働いたからといった通常の労働日になるわけでなく、休日労働です。これに対して、労基法は、法定休日なら休日割増賃金を、週（日）の時間外労働にあたる部分があるなら、割増し賃金支払い義務が生じます。

年休も事前申請しており、たいして使用者があらがうなら、法で定められた時季変更権の行使があらかじめなされていない。ということのようですので、就業規則にさだめた休暇日の賃金支払い義務が使用者にあります。

１０月にはいってなんたらかんたらいってきたところで、休日労働した事実、適法に年休取得した事実を隠ぺいできるわけなく、後出しの理屈はすべて失当であり、労使で合意しても労基法に定められた罰則付きの義務を使用者は免れるわけがありません。あとは労働者のあなたが、使用者に対し法に定められた罰則ものの使用者義務を履行せよ、とどう迫るかでしょう。

とてもよくわかりました。上司に納得いかないことをいつかいりさんのアドバイスをもとにを話したところ、後追いでつけてくれることになりました。今回は大変勉強になりました。