フレックスタイム制の残業・休出代計算

フレックスタイム制は、労働時間の制度であって、それに対して賃金をどう支払うかは、法に抵触する部分がなければ（いいかえると法にそうか、上回っている限り）、随意に定めることができます。

休日割増をどの休日にあてはめるかは、御社の規定をとくとご検分ください。ここでは、その規定を元に法を満たしているか、否かなら、ここの回答諸氏はなんとか回答はできるでしょうが、「わが社の規定は休日をどう扱うのか」？という質問には、だれも答えられません。

参考までに書くと法は、時間外労働と休日労働を峻別して扱います。ここでいう休日とは、週１日の休日（これを法定休日）のことであり、それ以外の法定外休日労働は、法定労働時間を超過したか判別のうえ、時間外労働として計上します。しかし、そういった逐一判定する煩雑さを避けるために、無条件（法定、法定外問わず）に休日労働はすべて１３５％賃金支払い、とする会社が大半なわけです（というより煩雑さをわかっているので１３５％にしている）。御社の規定はどうなっているか、繰り返しますが、ご検分下さい。

またフレックスは、時間外労働を法定休日以外の日の週６日間（法定外休日を含む）における労働時間を累計し、月間総労働時間の総枠（暦日数×４０÷７）を超過したところから時間外労働とし、その部分に時間外割増賃金支払すれば足るとしています。もちろん、すでに述べたように、御社の規定が法をうわまっているのでしたら、それでよく、それに従っての賃金支払いとなります。繰り返しますが「（上回っているかもしれない）御社の規定」は、あなたにしかわかりません。

質問者さんの応答あってから、続きを書き込もうと予定していた稿を置いていきます。

フレックスタイム制での法が設計した制度にそって説明すると、

・週の起算曜日を就業規則にさだめてあれば、その曜日始まり、でなければ日曜起算
・その週枠で法定休日を曜日特定していれば、その曜日の労働時数はフレックス制にカウントせず、法定休日労働として１３５％支払
・のこりの週６日勤務の労働時数を月間累計し、労働時間の総枠（暦日数×４０÷７）超えたところから時間外労働として、１２５％支払
・いずれの勤務であれ、２２時以降翌朝５時までの深夜勤務は別途累算して２５％支払

ということです。これにそえば、１２月後半から１月前半のように法定「外」休日が何日たてこもうと関係ないことになります。

ところが

> …休出は３５％割り増し、平日深夜は５０％増し、休日深夜は６０％割り増し…と取り決めています。

おそらく、システム設計でそうなったのでしょうが、規定がそうなっているのか不明でしたので、御社の規定に沿ってくれ、という回答にならざるをえません。

なぜなら、１５日締め直前の（おそらく）法定外休日１０日～１２日のどの部分が時間外労働かは、前月１６日から累計カウント判定するのが法定。それを上回る基準で割り増すのなら、質問者さんの会社規定（就業規則の支払い規定）をあたっていただくしかないのです。