解雇の判断について。

休職について御社の就業規則ではどのように定めているのでしょうか？
期間の上限や休職中の賃金については？

そもそも休職は労働者が私傷病などで、その療養のために長期にわたり就労ができない場合に、一定期間の就労を免除して、復職可能か否かを見極めることを目的とするもので、解雇を猶予するための制度ともいえます。
休職できる期間は、その労働者の勤続年数や傷病の内容に応じて１～２年を限度に定められているのが一般的で、この期間中に傷病から回復し就労可能になれば復職。回復しないまま休職期間が満了した場合には、自動退職または解雇とする旨、規定している企業が多いようです。

御社はどうなのでしょうか？

復職可能な状態については、最近の裁判例傾向では、「労働契約において職種が特定されていない場合は、原職復帰が困難であっても現実に配置可能な業務があればその業務に復帰させるべき」として、原職復帰の可能性を問うことなく、復職の可能性をより広範に認める傾向にあると言えます。

ここで指摘しておきたいのは休業についてです。休業は従業員が労働の提供ができる状態にもかかわらず、労働の義務を免除することにより、原則として賃金の支払の義務を免れるものです。使用者の責めに帰すべき事由による場合は、労働基準法は平均賃金の６割以上の休業手当支払を義務付けています。

家庭の事情だけではよくわかりませんが、この人が労働契約上の労務の提供をしていないことは事実です。
私傷病により６月程度の休職はよくありますが、根拠のはっきりしない休業とのｍｉｘで１/３しか出勤していないという事実は、そもそも労務の提供ができる状況ではない、ということですよね。

合法的な退職処理としては、
・就業規則に休職制度の規定があればそれに拠る。（休職期間満了をもって…とか。）
・規定が無いのでしたら、御社の就業規則第○条（解雇事由）「精神若しくは身体の故障により、業務の遂行に甚だしく支障があると認められたとき」
に該当すると考えられますから、ご質問に記述されているような、対処法に沿って①②③と進められれば特に問題は無いと思います。

社労・暁　様

大変参考になりました。
わかりやすい解説ありがとうございました。