みなし残業に関して。

就業規則において

法定休日が日曜日と定められているか、定めがない
週の起算日が日曜日となっているか、その定めがない

という前提でお答えします。この前提が違うと、土曜出勤命令が法定休日労働となる可能性があり、残業（時間外勤務）とは別枠にて、休日割増賃金を支払わねばならなくなるからです。

また有効な36協定が締結されており、就業規則に残業を命じる規定があるものとします。

> 30時間分はこちらで管理出来る為

なにか大げさなように聞こえますが、見なし残業代払う払わない（→実労働時間分の割増賃金を払う）にかかわらず、時間外労働は使用者がしっかり管理すべきものです。なぜなら残業は労働者の好き勝手にさせるものでないからです。

毎週法定休日でない（上に考察したとおり）土曜日の出勤命令は、上司により発出できます。これに対し、労働者は所用をいれてないかぎり（正当な理由がない限り）、拒否できないということになります。もちろん使用者側にも発出するだけの根拠、業務量、納期逼迫等が説明が求められます。むやみにだせるものではないということです。また出社を正当にこばめても、もともと休日なのですから、欠勤になるわけでも、減給させることもありません。

おそらく以上の説明でも納得いかないでしょうから、労働条件の変更に当たるとして、労働組合または周囲と団結して、団体交渉を要求するという手もあります。