どのような結論になりそうですか？

①　17：00～翌朝9：00は16：00になります。その間に休憩が3：30となっているので、この休憩が実際にできたら実労働時間は12：30になります。しかし 「一切休憩はとれていません」 とあるので、労働時間は16：00が事実であると推定します。

②　その間に深夜労働時間が （22：00～翌朝5：00） 7：00有ります。前記①の 「しかし・・・」 により、その全てが労働時間であると推定します。

③　「訪問手当」 という名称で3,000円を支払うようになりました」 とありますが、これは労基署員への言い訳であって、事前に当該労働者と合意した 「時間外手当」 である証明はないので、職務手当で有り、残業割増賃金算定基礎に含まれると言わざるを得ません。
　それが時間外手当だと言うためには、対象の残業時間数を明示し、その時間数を超えた場合は正規の計算による残業代を支払う必要があります。その辺りも取って付けたような下手な言い訳だとミエミエです。

④　１日の総労働時間16:00は、１日の法定時間を8:00超えています。これはまるまる残業時間です。
　１日８時間が20,000円の場合、１時間当たり残業単価は3,125円になります。
　20,000÷8:00×1.25＝3,125：１時間当たり残業代

⑤　前記①により１日の残業時間は8:00なので、１日の残業手当は
　3,125×8:00＝25,000　により、25,000円が正当額です。
　ただし、訪問手当は本来③により残業割増賃金算定基礎額ですから、
　23,000÷8:00×1.25×8:00＝28,750円　が正しい残業代です。

⑥　以上に加え、深夜労働が7:00有るので、5,031.25円の深夜割増を加算しなければなりません。
　23,000÷8:00×0.25×7:00＝5,031.25円

⑦　労働者の立場から言えば、20,000円＋訪問手当3,000円を加えた額を元として、８時間分の残業割増賃金28,750円と深夜労働手当5,031.25円、合計56,782円を支払えとなるでしょう。
　経営者の立場としては到底支払えない額だと思われます。
　
⑧　また、残業をさせるためには３６協定 （詳細は略す） も必要です
　労働法令の知識が不十分なため、最初の契約条件設定を誤ったと言えます。上手の手から水が漏れたと言えるでしょう。
　まともに労使が裁判で争えば経営側は大きな痛手を被ることは火の目を見るより明らかです。
　
⑨　１日も早く特定社会保険労務士の支援 （報酬を要す） を求めて、裁判・労働審判に持ち込まないで、話し合い解決をすることをお勧めします。
　質問者が労働者であれば、トコトンおやりなさいと励ましてあげたいケースです。

変形労働時間制でしょうか。
単発のアルバイトでしょうか。

> 訪問手当の規定は就業規則には書かれていません

契約書に訪問手当という賃金がみなし残業代として明確にその内訳と時間数が記載されていないのであれば、それを残業代として主張する根拠が乏しいかと思われます。
別途計算に基づいた時間外労働分の賃金は必要であると考えます。



> 17時から9時までの夜勤を、一回2万円で働いてもらっていました。
> 半年ほど経ってから、人手不足で忙しくなり、休憩もろくに取れないと言われたので、「訪問手当」という名称で3000円を支払うようになりました。
> 職員の契約書には、日当20000円、訪問手当三千円、休憩時間三時間半と書かれています。
>
> ところで、この事業所では三時間半の休憩時間が契約書にかかれていますが、一切休憩はとれていません。
>
> 職員が労基に相談し、休憩時間分の時間外手当を請求してきましたが、「訪問手当とは、時間外手当の事だ」と説明しました。
>
> 裁判になった場合、こちらの言い分が通りますでしょうか？
>
> ちなみに、訪問手当の規定は就業規則には書かれていません。

１カ月単位の変形労働時間制でしょうが、

１２時間半の深夜割増込みの２万円の日給として、全休憩時間帯を深夜に設けてある場合と、深夜外に休憩設けてある場合とでは、

３時間半の時間外手当として、前者は7850円、後者は6140円となり、１夜勤3000円が時間外割増との主張しては、割増計算いっさいしてないことがみえみえです。

別途深夜割増支給しているのなら時間単価はあがるため、前者は8400円（深夜割増込み）、後者は7000円（深夜外に時間外労働しているため）ですので、致命的ですね。

１時間あたり３０００円なら文句ないのですが。

質問は「 裁判になった場合、こちらの言い分が通りますでしょうか？」とのことです。

民事裁判となった場合、会社側申立が通るかどうかとのことですが、これはやってみないとわかりません。弁護士等による裁判所への証拠や論理ロジックにもよりますからね。

裁判以前の話として整理すると、

労働条件通知書上、つまり証拠がある形式上の契約は
１）就業時間　17:00～翌朝9:00（内休憩時間は３時間半）
　⇒このことより労働時間は12.5時間
２）このような所定労働時間とする変形労働時間制なのか許可された断続的労働等なのかは不明
　⇒仮に変形労働時間制とすれば１回12.5時間勤務をどのようにして組まれているかは不明
３）１勤務２万円＋訪問手当３千円
　⇒口頭では休憩時間に応答する賃金とする旨説明した、ただし規定にはない

実態
４）休憩時間の３時間半はまったくない。このことは労使双方認めている。
　⇒よって実際には16時間労働
経緯
５）労働者が労基署に相談した結果、休憩時間分の時間外手当を未払い賃金事件として会社に請求。

とのことですね。

こうした状況下で裁判官がその「訪問手当」を本来の休憩時間に働いた分としての賃金として認めるかはかなり困難だと私は思います。

まず「訪問手当」という名称ですが、これは実際にどこかに訪問するようなことがあるのでこのような名称になったのだと推測します。「休憩時間分賃金＝訪問手当」という名称にするのは、訪問行為がなければなかなか結びつかない名称ですからね。これ以上推測してもしょうがないのでこの点についてはここまでとします。

また実際の賃金額の計算についての回答は他にありますからしませんが、いくつかの定額残業代の裁判記録を参考にして（特に東京地裁）、時間外労働を手当に含めることが可能な条件をそれらから類推すると、今回のような手当に含まれると客観的に解するにはこの状況は会社側に厳しすぎると思います。

こられのことより、私見ですが裁判に持ち込まれる前に和解で決着することをお勧めします。

村の平民様、ありがとうございます。
今一度考えさせていただきます。

> ①　17：00～翌朝9：00は16：00になります。その間に休憩が3：30となっているので、この休憩が実際にできたら実労働時間は12：30になります。しかし 「一切休憩はとれていません」 とあるので、労働時間は16：00が事実であると推定します。
>
> ②　その間に深夜労働時間が （22：00～翌朝5：00） 7：00有ります。前記①の 「しかし・・・」 により、その全てが労働時間であると推定します。
>
> ③　「訪問手当」 という名称で3,000円を支払うようになりました」 とありますが、これは労基署員への言い訳であって、事前に当該労働者と合意した 「時間外手当」 である証明はないので、職務手当で有り、残業割増賃金算定基礎に含まれると言わざるを得ません。
> 　それが時間外手当だと言うためには、対象の残業時間数を明示し、その時間数を超えた場合は正規の計算による残業代を支払う必要があります。その辺りも取って付けたような下手な言い訳だとミエミエです。
>
> ④　１日の総労働時間16:00は、１日の法定時間を8:00超えています。これはまるまる残業時間です。
> 　１日８時間が20,000円の場合、１時間当たり残業単価は3,125円になります。
> 　20,000÷8:00×1.25＝3,125：１時間当たり残業代
>
> ⑤　前記①により１日の残業時間は8:00なので、１日の残業手当は
> 　3,125×8:00＝25,000　により、25,000円が正当額です。
> 　ただし、訪問手当は本来③により残業割増賃金算定基礎額ですから、
> 　23,000÷8:00×1.25×8:00＝28,750円　が正しい残業代です。
>
> ⑥　以上に加え、深夜労働が7:00有るので、5,031.25円の深夜割増を加算しなければなりません。
> 　23,000÷8:00×0.25×7:00＝5,031.25円
>
> ⑦　労働者の立場から言えば、20,000円＋訪問手当3,000円を加えた額を元として、８時間分の残業割増賃金28,750円と深夜労働手当5,031.25円、合計56,782円を支払えとなるでしょう。
> 　経営者の立場としては到底支払えない額だと思われます。
> 　
> ⑧　また、残業をさせるためには３６協定 （詳細は略す） も必要です
> 　労働法令の知識が不十分なため、最初の契約条件設定を誤ったと言えます。上手の手から水が漏れたと言えるでしょう。
> 　まともに労使が裁判で争えば経営側は大きな痛手を被ることは火の目を見るより明らかです。
> 　
> ⑨　１日も早く特定社会保険労務士の支援 （報酬を要す） を求めて、裁判・労働審判に持ち込まないで、話し合い解決をすることをお勧めします。
> 　質問者が労働者であれば、トコトンおやりなさいと励ましてあげたいケースです。

ぴぃちん様、ありがとうございます。

> 変形労働時間制でしょうか。
> 単発のアルバイトでしょうか。
>

変形労働時間制の、期限を定めない日当のパート職員です。

> > 訪問手当の規定は就業規則には書かれていません
>
> 契約書に訪問手当という賃金がみなし残業代として明確にその内訳と時間数が記載されていないのであれば、それを残業代として主張する根拠が乏しいかと思われます。
> 別途計算に基づいた時間外労働分の賃金は必要であると考えます。
>

変形労働時間制においての残業代のように、時間外労働分の賃金を支払わなくて良い制度は有りませんでしょうか？

>
> > 17時から9時までの夜勤を、一回2万円で働いてもらっていました。
> > 半年ほど経ってから、人手不足で忙しくなり、休憩もろくに取れないと言われたので、「訪問手当」という名称で3000円を支払うようになりました。
> > 職員の契約書には、日当20000円、訪問手当三千円、休憩時間三時間半と書かれています。
> >
> > ところで、この事業所では三時間半の休憩時間が契約書にかかれていますが、一切休憩はとれていません。
> >
> > 職員が労基に相談し、休憩時間分の時間外手当を請求してきましたが、「訪問手当とは、時間外手当の事だ」と説明しました。
> >
> > 裁判になった場合、こちらの言い分が通りますでしょうか？
> >
> > ちなみに、訪問手当の規定は就業規則には書かれていません。

①　変形労働時間制は、言うは安く行うは難い制度です。多くの企業では変形労働時間制に名を借りて違反を常態化していると言っても過言ではありません。また、労働者も言葉で誤魔化され、気がついて抜き差しならぬ紛争になった例もあります。

②　変形労働時間制の要点は、その変形期間 （例：１年） を通じて、週の平均所定労働時間が４０時間以内でなければなりません。決して、残業代不要制度ではありません。

③　また、自由自在に変形できるのではなく、勤務予定を事前に一定の枠内で公表し、その予定を超えた日については残業代が必要です。

④　詳細はここでは述べません。Webのキーワードに 「変形労働時間制」 と入れて、東京労働局などの説明を熟読して下さい。その上で労基署で具体的に相談しましょう。恐らく、期待外れになるでしょう。
　総務の森の閲覧者は回答に責任を持ちません。違反した結果泣くのは質問者だけです。

>
> 変形労働時間制の、期限を定めない日当のパート職員です。
>
> 変形労働時間制においての残業代のように、時間外労働分の賃金を支払わなくて良い制度は有りませんでしょうか？
>


私見もあります。
１箇月単位の変形労働制であれば、８時間を超えて勤務するとしているのであれば、その時間分の割増賃金は必要ありませんが、休憩時間は休憩時間として確保する必要はあります。

人員不足を理由に、休憩時間が短くなったのであれば、その日の所定労働時間を超えて労働していることになりますから、時間外の割増賃金は必要になろうかと思います。

なかなか募集をかけても人が来ない状況かとは思いますが、それを理由に、賃金の未払いをすることの理由にはならないと考えます。

休憩時間が３時間確保できないのであれば、最低１時間を確保できるようにシフトを組んで勤務を行えるようにしないと、人が減れば減るほど、人員のやりくりが難しくなるかと思います。

時間外にしても時間内にしても、おこなった労働の対価としての賃金は支払わなければならない、と考えていただくことがよいでしょう。
そうしたくないのであれば、経営者自らが代わりになるのであれば、その限りではないでしょうが、おそらくそうはされないと思われます。